تتعامل عناصر الأمن القومي أساسا مع التهديدات وتتصدى لها سواء تهديدات داخلية أو خارجية وكونها عناصر أمن قومي شامل فإنها تتصدى لكافة التهديدات سواء سياسية أو اقتصادية أو اجتماعية أو أيدلوجية أو عسكرية أو بيئية.
وتنقسم التهديدات عادة إلى تهديدات رئيسية خارجية وثانوية ومن حيث الأسلوب، وتهديدات مباشرة أو غير مباشرة ومن حيث المصدر والاتجاه، وتهديدات خارجية وداخلية وجميعها قد تكون مصنفة كتهديدات سياسية أو اقتصادية – أو اجتماعية – أو عسكرية، والتهديدات الرئيسية الخارجية، التهديدات التي تهدد كيان وبقاء الدولة، والتحديات والإصلاحات السياسية، والتحديات الاقتصادية، والتحديات وتحقيق العدالة الاجتماعية.
أما التهديدات الثانوية الخارجية هي التي توجه دولة بعينها مثل خلافات حدودية – نزاعات تاريخية عرقية أو دينية أو طائفية مما يسبب وعدم الاستقرار ، قد تتطور إلى صراع مسلح وهنا قد يصبح التهديد الثانوية تهديدا رئيسيا انتصارا للمبادئ والشرعية الدولية.ط
أما التهديدات الداخلية المحتملة فالتهديد الأول خلال مرحلة التحولات السياسية بتعميق الديمقراطية – والتحولات الاقتصادية بإجراء الإصلاحات الاقتصادية والتحول الي اقتصاديات السوق، والتهديد الثاني هو محاولات ضرب الوحدة الوطنية وهو تحدي يجب مواجهته بكل حزم وصرامة باعتبار الوحدة الوطنية هي مصدر القوة الوطنية للدولة، والتهديد الثالث هو الإرهاب وهو محاولات ضرب الاستقرار سواء بعمليات ارهابية تحت عباءة الأسباب المختلفة وتهدف مرحليا إلى النيل من هيبة الشرطة رمز السلطة أو إضعاف الاقتصاد أو إيقاف النمو الاقتصادي وبالتالي قيام اضطرابات داخلية.
بالنسبة للمخاوف أمنية فبعد انتهاء الحرب الباردة بزوغ النظام العالمي الجديد واندحار الشيوعية وتبلور أحادية القطبية للولايات المتحدة الأمريكية برزت بعض المخاوف الأمنية ويمكن تقسيمها إلى مخاوف سياسية ومخاوف اقتصادية وأخرى أمنية بالنسبة لدول العالم الثالث وبالتالي للدول العربية ومصر.
وللمخاوف السياسية أهداف ومصالح القوى العظمى والكبرى لما تمثله المنطقة العربية من أهمية استراتيجية للقوى الكبرى والعظمى على مدى عصور التاريخ نظرا لخصائص الموقع الجيوبوليتيكي مما جعلها مطمع للقوى العالمية، كما وأن توفر الثروات في المنطقة ولاسيما النفط (68%) من الاحتياطي العالمي وتوفر موارد المياه وسيطرة المنطقة على المضايق والممرات المائية الدولية الإستراتيجية، علاوة على أنها مهبط الديانات السماوية الرئيسية ، ولاعتبارات اقتصادية عديدة (البترودولار- سوق استهلاكية – أيدي عاملة رخيصة للاستثمار).
وفي الختام تأتي المخاوف الأمنية العسكرية، نتيجة تعارض المصالح أو تنامي الأطماع لبعض القوى ضد الأخرى في إطار مناخ دولي مناسب.